L'histoire de Naruto Shippuden se déroule 2 ans et demie après le départ de Naruto à Konoha. On y retrouve tout les personnages plus murs et plus âgés.
L'intrigue tourne autour des aventures de Sakura et Naruto à la recherches de Sasuke, parti de Konoha pour acquérir de nouveaux pouvoirs, mais on y découvre aussi les objectifs de l'Akatsuki.